我们所处的环境(土壤、空气、水体)、人体内外(消化道、呼吸道、体表)以及动植物组织都存在大量肉眼看不见的微小生物，这类形体微小、单细胞或结构较为简单的多细胞，甚至没有细胞结构的生物统称为微生物，在农业生产中，微生物可分解有机残体，增加土壤有效养分。微生物与人类及畜禽的健康关系密切，如生活在动物肠道内的微生物，可合成维生素、氨基酸等，提供营养，产生抗生素。从某种意义上说，微生物是普洱茶品质形成的第一功臣，也是第推动因素。在普洱茶固态发酵过程中:各种微生物间彼此消长，存在着竞争、互生和拮抗等多种生态关系，形成了以茶叶为基质的微生物群落。因为温度和湿度的影响，这一群落中有害微生物滋生被抑制，有益微生物却能大量生长和繁殖，从而使得普洱茶品质的形成趋向于向有利的方向发展。
普洱茶固态发酵过程中的微生物来源有三个方面:晒青毛茶原有的;固态发酵时空气、添加的水和地面中的微生物;外源添加的有益微生物。
(1)晒青毛茶上的微生物
可能来自茶树植物的内生菌，或来自鲜叶生长、采摘、加工、运输等环节的环包括空气、土壤、运输工具、甚至加工人员都可能带给毛茶微生物。
(2)加工环境的微生物加工环境可以说是一一个巨大的微生物储藏库，尤其是曲霉、青霉等丝状真菌孢子和芽孢杆菌等在自然界的分布极为广泛，在土壤和空气中大量存在。因此从普洱茶固态发酵到成品包装储运的各个环节，土壤、空气、人体表面等处的微生物都可通不同方式传播于晒青原料过不条件下成为优势菌，对普洱茶品不同方式传播于晒青原料，并在适宜的条件下成为优势菌。对普洱茶品质形成起到重要作用，同时，环境微生物还可以传播到普洱茶陈华中，长期繁殖于普洱茶的包装储运及陈化过程中。
陈宗道等在重庆模拟普洱茶发酵工艺过程中分离到黑曲霉，青霉，根霉，灰绿曲霉，酵母等。而周红杰等在昆明普洱茶大生产屋堆过程中，分离鉴定到了黑曲霉灰绿曲霉、土生曲霉、白曲霉以及青霉属，根霉属、酵母属等真菌，其中土生曲霉、白曲霉等是首次分离到的真菌种群。陈可可等在云南省生产普洱茶的多个地区随机采样，不同地区发酵过程中的普洱茶样都具有不同类型的真菌种群:从勐腊县易武镇的普洱熟茶堆中分离到温特曲霉烟色变种、帚状曲霉、具黄曲霉和日本曲霉变种:从景洪市基诺山的普洱熟茶堆中分离到帚状曲霉、具黄曲霉、臭曲霉、日本曲霉变种和局限灰曲霉;从普洱市普洱熟茶堆中分离到温特曲霉烟色变种、臭曲霉和局限灰曲霉;从昆明试验普洱熟茶堆中分离到埃及曲霉。刘勤晋分析认为由于普洱茶发酵过程中的真菌来源于周围环境，重庆和云南普洱茶发酵过程中出现的真菌种群存在一定的差异，即使是在云南本省的不同地区，普洱茶渥堆过程中出现的真菌种群也存在较大的差异，因此，不同地区、不同来源原料的普洱茶后发酵过程中真菌的种类及种群结构可能会有所不同，可能也正是由于真菌种群的不同造就了云南普洱茶不同的风味品质。形成不同地区普洱熟茶渥堆过程中真菌种群差异性的直接原因可能是原料产地和后发酵所在地区的微生物具有多样性。
(3)人工添加的微生物
即人为添加微生物以加快普洱茶发酵过程，以希望提高普洱茶品质。如添加酵母菌、黑曲霉等。
在普洱茶固态发酵过程中，真菌和细菌的协同作用造就了普洱熟茶，真菌类主要有酵母属、根毛霉属、嗜热真菌属，德巴利酵母属和青霉属等，细菌主要有片球菌属、芽孢杆菌属、短状杆菌属、欧文氏菌属、特布尔西菌属和乳杆菌属等。在普洱茶的固态发酵过程中，微生物的菌种变化是极其复杂的。有的微生物自始至终对普洱茶品质形成发挥着积极的作用，有的微生物是在加工的某--阶段发挥着形成普洱茶独特风格的作用。
